Selain lembaga formal seperti TK, MI, MTs dan MA, Yayasan Soebono Mantofani juga mewadahi santri dalam lembaga pesantren. Sebagai penghargaan terhadap jasa-jasa para santri terdahulu, pada hari santri, seluruh civitas akademika Yayasan Soebono Mantofani mengadakan upacara hari santri. Upacaranya tergolong unik, biasanya upacara berpakaian formal sekolah, namun pada hari santri semua peserta dan guru serta karyawan berbusana khas santri, peci, baju taqwa dan atau bersarung. Bertindak sebagai komandan upacara Ketua Harian Yayasan Soebono Mantofani, H. M. Wiyono, MA juga nampak memakai sarung.
hidup santri..?1
Merdeka...!!!